Arrêts maladie des agents publics : nouvelles durées au 1er septembre

Les arrêts maladie des agents publics changent de règles. Un décret du 29 juillet 2026, publié au Journal officiel, plafonne la durée des prescriptions, impose un formulaire sécurisé pour les avis établis sur papier et ouvre la voie à un contrôle de présence au domicile. Ces dispositions s'appliquent à compter du 1er septembre 2026.

Le texte vise les fonctionnaires comme les agents contractuels. Il transpose à la fonction publique des règles déjà en vigueur ou programmées pour les salariés du secteur privé, après la promulgation de la loi de financement de la sécurité sociale pour 2026.

Trente et un jours pour une première prescription

À partir du 1er septembre, un arrêt initial ne pourra plus dépasser 31 jours. Chaque prolongation sera limitée à 62 jours. Le prescripteur, médecin traitant ou sage-femme notamment, pourra déroger à ces plafonds au vu de la situation médicale de l'agent et des recommandations éventuelles de la Haute Autorité de santé. Le même plafonnement s'applique aux salariés du privé à la même date.

La prolongation devra en principe être signée par le prescripteur de l'arrêt initial. Dans le cas contraire, la rémunération n'est plus maintenue, sauf dans les situations prévues par les articles L.162-4-4 et R.162-1-9-1 du code de la sécurité sociale.

Les avis d'arrêt de travail au format papier devront être établis sur un formulaire Cerfa sécurisé, destiné notamment à empêcher la vente de faux arrêts. Les salariés du privé y sont soumis depuis le 1er septembre 2025.

Contrôle au domicile et indemnité d'attente

• L'employeur pourra faire contrôler la présence de l'agent à son domicile ou sur son lieu de repos lorsque la prescription médicale comporte une obligation de présence. Un refus du contrôle ou une absence injustifiée interrompt le versement de la rémunération jusqu'à la fin de l'arrêt.
• Un agent en congé pour raison de santé pourra commencer ou poursuivre une formation ou un bilan de compétences, après avis favorable d'un médecin agréé.
• Les agents de la fonction publique d'État en fin de droits de congé de maladie ordinaire, et en attente d'un congé de longue maladie ou de longue durée, percevront une indemnité d'attente jusqu'à la décision de l'administration.

Temps partiel thérapeutique : réponse sous trente jours

Le second volet du décret est entré en application le 1er août. L'administration employeur dispose désormais de 30 jours au maximum, à compter de la réception de la demande, pour l'accepter ou la refuser. Jusque-là, l'autorisation prenait effet à la date à laquelle l'employeur recevait la demande.

Le délai est raccourci dans quatre cas : demande formulée à l'issue d'un congé de longue maladie, d'un congé de longue durée, d'un congé pour invalidité temporaire imputable au service, ou après une disponibilité pour raison de santé. La décision doit alors intervenir au plus tard le jour de la reprise du travail. La règle vaut aussi pour les demandes de renouvellement.

Tout refus doit être motivé, qu'il porte sur une première demande ou sur un renouvellement. La motivation s'impose également quand l'employeur interrompt une autorisation en cours. L'obligation de renouveler l'autorisation par périodes d'un à trois mois disparaît ; la durée totale reste plafonnée à une année.

Les conditions médicales d'accès au dispositif, les quotités de travail comprises entre 50 % et 90 % d'un temps plein et les règles de rémunération ne bougent pas. Depuis le 1er août également, les médecins agréés peuvent recourir à la télémédecine pour les examens des agents en congé de maladie ordinaire, de longue maladie ou de longue durée, dans les conditions fixées par le code de la santé publique.

Une mesure repoussée à 2028

Le décret prévoit enfin un dispositif de préparation de la reprise du travail, qui pourra être mis en œuvre à compter du 1er janvier 2028 dans la fonction publique de l'État et dans la fonction publique territoriale. Lors de toute interruption de travail pour raison de santé supérieure à 30 jours, un médecin agréé pourra solliciter le médecin du travail, en lien avec le médecin traitant de l'agent, pour étudier les modalités du retour ou envisager des actions de formation. L'agent concerné sera assisté par une personne de son choix.