Crédit d'impôt recherche et innovation : ce qui est éligible

À quelles entreprises ces deux crédits d'impôt s'adressent-ils ?

Le crédit d'impôt recherche (CIR) vise les entreprises industrielles, commerciales ou agricoles imposées d'après leur bénéfice réel, à l'impôt sur les sociétés ou à l'impôt sur le revenu. Le régime réel est une condition d'accès : une entreprise relevant d'un régime forfaitaire en est écartée. Ni la taille, ni la forme juridique, ni le secteur d'activité n'entrent en ligne de compte. Seule compte la nature des travaux engagés, appréciée selon les critères internationaux de la recherche fondamentale, de la recherche appliquée et du développement expérimental.

Plusieurs entreprises exonérées d'impôt conservent le bénéfice du dispositif. La liste figure au I de l'article 244 quater B du code général des impôts et couvre notamment les jeunes entreprises innovantes, les entreprises créées pour reprendre une activité en difficulté, celles implantées en zone franche urbaine ou en bassin d'emploi à redynamiser. L'article 42 de la loi de finances pour 2026 y a ajouté le nouvel article 44 octies B, qui exonère les créations et reprises d'activité dans les quartiers prioritaires de la politique de la ville entre 2026 et 2030.

Le crédit d'impôt innovation (CII) est nettement plus restrictif. Il n'est ouvert qu'aux micro, petites et moyennes entreprises au sens du droit de l'Union européenne : moins de 250 salariés, et un chiffre d'affaires annuel inférieur ou égal à 50 millions d'euros ou un total de bilan inférieur ou égal à 43 millions d'euros. Une société dont 25 % ou plus du capital ou des droits de vote sont détenus par un organisme public perd cette qualité de PME.

Quelles dépenses entrent dans l'assiette du CIR ?

Le personnel affecté à la recherche

Les rémunérations et charges sociales des chercheurs et des techniciens de recherche directement affectés aux opérations constituent le premier poste de l'assiette. La qualification s'apprécie sur les fonctions réellement exercées, pas sur l'intitulé du contrat de travail. Le temps consacré aux travaux de recherche doit être établi : c'est sur ce point que portent la plupart des redressements. Les entreprises individuelles et les sociétés de personnes peuvent en outre retenir un forfait au titre du dirigeant qui participe personnellement aux travaux.

Le dispositif dit des jeunes docteurs permettait de compter double les dépenses de personnel afférentes à un titulaire de doctorat lors de son premier recrutement, pendant vingt-quatre mois. La loi de finances pour 2025 l'a supprimé. Il ne s'applique plus qu'aux dépenses exposées avant le 15 février 2025.

Le forfait de dépenses de fonctionnement

Les frais de fonctionnement induits par la recherche ne sont pas justifiés au réel : ils sont calculés forfaitairement. Depuis les dépenses exposées à compter du 15 février 2025, ce forfait s'établit à 40 % des dépenses de personnel retenues et à 75 % des dotations aux amortissements des immobilisations affectées à la recherche. Le taux applicable aux dépenses de personnel était de 43 % auparavant, et de 50 % avant 2020.

L'effet du forfait sur le montant final n'est pas marginal. Pour une entreprise déclarant 1 000 000 euros de salaires de chercheurs et aucune autre dépense, l'assiette atteint 1 400 000 euros et le crédit d'impôt 420 000 euros au taux de 30 %. Le passage de 43 % à 40 % coûte 9 000 euros de crédit d'impôt sur ce seul exemple.

Amortissements, normalisation et rémunérations d'inventeurs

Les dotations aux amortissements des immobilisations créées ou acquises à l'état neuf et affectées à des opérations de recherche entrent dans l'assiette, immeubles compris lorsqu'ils sont dédiés à la recherche. Les rémunérations supplémentaires versées aux salariés auteurs d'une invention de mission restent également éligibles.

Les dépenses de normalisation afférentes aux produits de l'entreprise suivent une règle propre : elles ne sont retenues que pour la moitié de leur montant. Pour les salariés participant aux réunions officielles de normalisation, l'assiette est calculée à partir de 50 % des salaires et charges mensuels rapportés au nombre de jours ouvrés, majorés d'un forfait de 30 % couvrant transport, hébergement et préparation. Pour le chef d'entreprise, l'exploitant individuel ou l'associé, la dépense est plafonnée à 450 euros par journée complète de participation et 225 euros par demi-journée, selon la doctrine fiscale publiée au BOFiP.

Ce que la loi de finances pour 2025 a retiré de l'assiette

La loi n° 2025-127 du 14 février 2025 a resserré l'assiette du CIR sur quatre points. Les suppressions valent pour les dépenses exposées à compter du 15 février 2025, soit le lendemain de la publication de la loi. Une entreprise dont l'exercice coïncide avec l'année civile a donc appliqué deux régimes différents sur un même exercice 2025.

Ces suppressions ne remettent pas en cause l'éligibilité des travaux de recherche eux-mêmes : elles portent sur des frais périphériques à la protection industrielle. Une entreprise qui dépose un brevet à l'issue d'un programme de recherche continue de déclarer les salaires et les amortissements engagés, mais plus les redevances de dépôt et de maintien en vigueur.

Quels taux et quels plafonds s'appliquent en 2026 ?

Le taux de droit commun du CIR est de 30 % pour la fraction des dépenses de recherche inférieure ou égale à 100 millions d'euros et de 5 % pour la fraction supérieure. Ce seuil s'apprécie par entreprise et par année civile. La loi n° 2026-103 du 19 février 2026 de finances pour 2026 n'a modifié ni le taux, ni le seuil, ni l'assiette : son article 42 s'est borné à étendre le bénéfice du dispositif à un nouveau régime d'exonération territoriale.

Le crédit d'impôt en faveur de la recherche collaborative, codifié à l'article 244 quater B bis du code général des impôts, porte sur les dépenses facturées par des organismes de recherche et de diffusion des connaissances dans le cadre d'un contrat de collaboration. L'article 37 de la loi de finances pour 2026 l'a prorogé aux contrats conclus jusqu'au 31 décembre 2028. Il ne se cumule pas avec le CIR sur les mêmes dépenses.

Comment la sous-traitance agréée est-elle encadrée ?

Une entreprise peut confier tout ou partie de ses travaux à l'extérieur et conserver le bénéfice du CIR. Deux conditions tiennent : les opérations sous-traitées doivent constituer en elles-mêmes des opérations de recherche, et le prestataire doit être agréé par le ministre chargé de la recherche. L'agrément est délivré après examen de la capacité de l'organisme à mener, par ses propres moyens, des travaux dont il définit lui-même la démarche scientifique. Les organismes de recherche publics et les établissements d'enseignement supérieur délivrant un diplôme conférant le grade de master sont réputés agréés.

Le montant admis est doublement borné. Les dépenses externalisées ne sont retenues que dans la limite de trois fois le montant total des autres dépenses de recherche ouvrant droit au crédit d'impôt. Un plafond en valeur absolue s'y ajoute :

• 10 millions d'euros par an lorsqu'il n'existe pas de lien de dépendance entre l'entreprise et l'organisme de recherche ;
• 2 millions d'euros par an en présence d'un lien de dépendance, ce montant s'imputant à l'intérieur du plafond de 10 millions d'euros ;
• la limite de trois fois les autres dépenses éligibles s'applique en tout état de cause, y compris lorsque les plafonds en valeur ne sont pas atteints.

L'entreprise donneuse d'ordre supporte la charge de la vérification. Le ministère chargé de la recherche publie la liste des organismes agréés ; un agrément expiré au moment où la dépense est exposée fait tomber la déduction. Le prestataire agréé doit de son côté déduire de sa propre assiette les dépenses correspondant aux travaux facturés, pour éviter un double comptage.

Quelles dépenses ouvrent droit au crédit d'impôt innovation ?

Le CII porte sur la conception de prototypes ou d'installations pilotes de produits nouveaux. Le produit doit ne pas encore être mis sur le marché et se distinguer des produits existants par des performances supérieures sur le plan technique, de l'éco-conception, de l'ergonomie ou des fonctionnalités. Le prototype n'est pas destiné à la vente : il sert de modèle. Les dépenses de la phase de production en série sont exclues.

Entrent dans l'assiette les dotations aux amortissements des immobilisations créées ou acquises neuves affectées à ces opérations, les dépenses de personnel qui y sont directement affectées et les opérations confiées à des organismes agréés. Le forfait de dépenses de fonctionnement, qui existait jusqu'en 2022, a été supprimé pour les dépenses exposées à compter du 1er janvier 2023 par l'article 83 de la loi de finances pour 2022. L'assiette du CII est donc, depuis cette date, une assiette de dépenses réelles.

Le montant des dépenses retenues ne peut pas dépasser 400 000 euros par an. Au taux de 20 %, le crédit d'impôt plafonne donc à 80 000 euros. Les taux majorés restent applicables outre-mer, à 60 %, et en Corse, à 40 % pour les petites entreprises et 35 % pour les moyennes entreprises. Le dispositif est ouvert aux dépenses exposées jusqu'au 31 décembre 2027.

Quelles obligations déclaratives faut-il respecter ?

La déclaration se fait par voie dématérialisée, au moyen du formulaire n° 2069-A-SD, déposé avec le relevé de solde d'impôt sur les sociétés ou la déclaration de résultat. Pour une société soumise à l'impôt sur les sociétés clôturant au 31 décembre, l'échéance est celle du relevé de solde, soit le 15 mai de l'année suivante. Les entreprises à l'impôt sur le revenu déposent l'imprimé avec la déclaration de résultat.

Au-delà de certains montants de dépenses, un état annexe est exigé. Il détaille la nature des travaux, les moyens engagés et la part des titulaires de doctorat financés.

Le crédit d'impôt s'impute sur l'impôt dû au titre de l'année au cours de laquelle les dépenses ont été exposées. L'excédent constitue une créance sur l'État, utilisable pour le paiement de l'impôt des trois années suivantes ; la fraction non utilisée est remboursée à l'issue de ce délai. Certaines entreprises obtiennent le remboursement immédiat : les PME au sens du droit de l'Union européenne, les jeunes entreprises innovantes, les entreprises nouvelles et les entreprises faisant l'objet d'une procédure collective.

Comment sécuriser son crédit d'impôt face au contrôle ?

Le rescrit

Le rescrit prévu au 3° de l'article L. 80 B du livre des procédures fiscales permet d'interroger l'administration sur l'éligibilité d'un projet avant de le déclarer. La demande doit être déposée au plus tard six mois avant la date limite de dépôt de la déclaration de CIR. L'administration dispose de trois mois pour répondre ; son silence vaut accord tacite, opposable lors d'un contrôle ultérieur. En cas d'avis défavorable, l'entreprise dispose de deux mois pour solliciter un second examen, auquel l'administration répond dans les trois mois après consultation d'un collège.

La portée du rescrit est délimitée. Il tranche l'éligibilité scientifique et technique du projet, pas le montant déclaré. Un rescrit favorable n'interdit pas un contrôle des pièces comptables, du temps passé ou du rattachement des dépenses. Les modèles de demande sont publiés par le ministère chargé de la recherche.

Le contrôle sur demande

L'article L. 13 CA du livre des procédures fiscales ouvre une seconde voie : l'entreprise sollicite elle-même un contrôle portant sur le CIR. Le ministère chargé de la recherche est consulté pour apprécier la nature scientifique et technique des travaux. Les conclusions constituent une prise de position formelle qui engage l'administration pour les années vérifiées.

Le délai de reprise et le partage des compétences

Le droit de reprise de l'administration s'exerce jusqu'à la fin de la troisième année suivant celle du dépôt de la déclaration spéciale n° 2069-A-SD, en application de l'article L. 172 G du livre des procédures fiscales. Ce délai est autonome : il court à compter du dépôt de l'imprimé, et non de l'exercice d'imputation du crédit d'impôt.

Le contrôle repose sur un partage de compétences. Les agents du ministère chargé de la recherche vérifient la réalité de l'affectation des dépenses à des opérations de recherche. L'administration fiscale reste seule compétente pour mettre en œuvre la procédure de rectification et notifier les redressements. Un comité consultatif des crédits d'impôt pour dépenses de recherche peut être saisi du désaccord persistant entre l'entreprise et l'administration.