Arrêt de travail : conditions et calcul des indemnités journalières

Qui a droit aux indemnités journalières maladie ?

Les indemnités journalières remplacent une partie du salaire perdu pendant un arrêt de travail prescrit par un médecin. Elles ne sont pas automatiques. L'assuré doit justifier d'un volume de travail ou d'un montant de cotisations avant l'arrêt. Le niveau exigé dépend de la durée de l'arrêt.

Pour un arrêt de moins de six mois, deux voies s'ouvrent. Le salarié doit avoir travaillé au moins 150 heures au cours des trois mois précédant l'arrêt, ou avoir cotisé sur un salaire au moins égal à 1 015 fois le SMIC horaire au cours des six mois précédents. Avec un SMIC horaire brut de 12,31 € depuis le 1er juin 2026, ce second seuil représente 12 494,65 €, selon la fiche ameli sur l'arrêt maladie du salarié.

Au-delà de six mois d'arrêt, les conditions se durcissent. Il faut être immatriculé depuis au moins douze mois à la date de l'arrêt, et justifier de 600 heures de travail ou de cotisations assises sur 2 030 fois le SMIC horaire, soit 24 989,30 €, au cours des douze mois précédents. La caisse réexamine le dossier au moment où l'arrêt franchit le sixième mois. Un salarié qui remplissait la première condition peut donc perdre ses droits en cours d'arrêt.

Les salariés dont l'activité est discontinue relèvent d'un régime propre dès le premier jour. Travail saisonnier, intermittence, contrats courts successifs : la période de référence est portée à douze mois, avec les mêmes seuils de 600 heures ou de 2 030 fois le SMIC horaire. Le dispositif évite qu'une activité irrégulière prive de tout droit.

Le délai de carence de trois jours

Les trois premiers jours d'un arrêt maladie ne sont pas indemnisés. L'indemnité est due à compter du quatrième jour. Cette carence ne s'applique ni aux accidents du travail, ni aux maladies professionnelles, ni aux congés de maternité, de paternité ou d'adoption, pour lesquels l'indemnisation démarre immédiatement.

La carence n'est pas neutre financièrement. Pour un salarié qui n'atteint pas un an d'ancienneté, elle se cumule avec le délai de sept jours applicable au complément de l'employeur. Un arrêt de cinq jours peut ainsi n'ouvrir droit qu'à deux indemnités journalières et à aucun maintien de salaire.

Comment se calcule l'indemnité journalière ?

L'indemnité est égale à 50 % du salaire journalier de base. Ce salaire s'obtient en additionnant les salaires bruts des trois derniers mois civils précédant l'arrêt, puis en divisant le total par 91,25. Ce diviseur correspond à la durée moyenne d'un trimestre exprimée en jours, soit 365 divisé par 4.

Le salaire mensuel retenu est plafonné. Depuis le 1er avril 2025, la limite est fixée à 1,4 fois le SMIC mensuel, contre 1,8 fois auparavant. Le décret n° 2025-160 du 20 février 2025 a modifié l'article R. 323-4 du code de la sécurité sociale en ce sens, pour les arrêts de travail débutant à compter de cette date.

Ce plafond suit mécaniquement le SMIC. Le salaire minimum mensuel brut a été porté à 1 823,03 € le 1er janvier 2026, puis à 1 867,02 € le 1er juin 2026, après une revalorisation automatique de 2,41 % déclenchée par l'inflation et actée par l'arrêté du 22 mai 2026. Le plafond de salaire retenu pour les indemnités journalières s'établit donc à 2 613,83 €.

Le calcul se ferme ainsi : 2 613,83 € multipliés par trois font 7 841,49 €, divisés par 91,25 donnent 85,93 €, dont la moitié fait 42,97 €. C'est le montant maximal de l'indemnité journalière maladie, applicable aux arrêts prescrits à compter du 1er juillet 2026. Un salarié rémunéré 3 000 € bruts et un salarié rémunéré 6 000 € bruts perçoivent exactement la même indemnité.

Le graphique montre l'effet de seuil. Jusqu'à 2 613,83 € bruts, le taux de remplacement reste identique pour tout le monde. Au-delà, il chute à mesure que le salaire augmente. C'est ce décrochage que la baisse du plafond de 1,8 à 1,4 SMIC a accentué en 2025, et c'est ce qui explique le développement des couvertures de prévoyance d'entreprise.

Ce qui est prélevé sur l'indemnité

Le montant annoncé par la caisse est un brut. La CSG au taux de 6,2 % et la CRDS au taux de 0,5 % sont retenues à la source, soit 6,7 % au total. Sur la CSG, 3,8 points sont déductibles du revenu imposable, les 2,4 points restants ne le sont pas, selon la fiche service-public consacrée à la CSG et à la CRDS. Une indemnité brute de 42,97 € revient à 40,09 € nets.

Les indemnités journalières de maladie sont imposables comme des traitements et salaires. L'administration fiscale prévoit deux tempéraments : les indemnités versées au titre d'une affection de longue durée sont totalement exonérées, et celles versées au titre d'un accident du travail ou d'une maladie professionnelle ne sont imposables qu'à hauteur de 50 %, selon la réponse officielle publiée sur impots.gouv.fr.

En quoi l'arrêt maladie diffère-t-il de l'accident du travail ?

Trois régimes coexistent et n'obéissent pas aux mêmes règles. L'arrêt pour maladie ordinaire est le moins bien indemnisé. L'accident du travail et la maladie professionnelle bénéficient de taux supérieurs et d'aucune carence. Le congé de maternité relève d'un troisième calcul.

En accident du travail, l'indemnité vaut 60 % du salaire journalier de base pendant les 28 premiers jours, puis 80 % à partir du 29e, sans jamais dépasser le salaire journalier net. Le jour de l'accident est payé par l'employeur, et l'indemnisation démarre dès le lendemain, sans délai de carence, précise la rubrique accident du travail d'ameli.fr.

L'écart tient à la référence de plafonnement. L'indemnité maladie est plafonnée par rapport au SMIC. Les indemnités de maternité et d'accident du travail restent calées sur le plafond annuel de la sécurité sociale, fixé à 48 060 € pour 2026 par l'arrêté du 22 décembre 2025. Le premier plafond progresse au rythme du salaire minimum, les seconds au rythme du salaire moyen.

Pendant combien de temps la caisse verse-t-elle les indemnités ?

La règle générale fixe un compteur : 360 indemnités journalières au maximum sur une période de trois années consécutives, décomptée de date à date. Le compteur agrège tous les arrêts, quel qu'en soit le motif. Un salarié qui a épuisé ses 360 jours ne perçoit plus rien tant que la fenêtre de trois ans n'a pas glissé.

Les affections de longue durée échappent à ce plafond. L'indemnisation peut alors durer trois ans de date à date pour la même affection. Une nouvelle période de trois ans peut s'ouvrir après une reprise du travail d'au moins un an.

Une contrainte nouvelle s'ajoute depuis l'été 2026, non plus sur la durée totale d'indemnisation mais sur la durée de chaque prescription. Le décret n° 2026-498 du 12 juin 2026 insère un article R. 162-1-7-1 dans le code de la sécurité sociale et plafonne l'arrêt prescrit à 31 jours pour une première prescription et à 62 jours pour une prolongation. Ces plafonds s'appliquent depuis le 1er septembre 2026 et ne concernent pas Mayotte.

Un arrêt prescrit lors d'une téléconsultation obéit à une règle plus stricte encore : il ne peut excéder trois jours, sauf s'il émane du médecin traitant ou de la sage-femme référente, ou si l'assuré est dans l'impossibilité justifiée de consulter en présentiel.

Le versement intervient tous les quatorze jours en moyenne, accompagné d'un décompte. Lorsque l'employeur pratique la subrogation, il continue de verser le salaire et perçoit directement les indemnités à la place du salarié.

Le décret n° 2026-501 du 12 juin 2026 referme le dernier dispositif sans borne. Pris en application de l'article 81 de la loi de financement de la sécurité sociale pour 2026, il limite le service des indemnités journalières d'accident du travail et de maladie professionnelle à quatre ans par période d'incapacité. Une nouvelle période peut s'ouvrir après une reprise du travail d'au moins un an, l'assuré devant attester de sa date de reprise.

L'employeur doit-il compléter les indemnités ?

Oui, sous conditions. L'article L1226-1 du code du travail impose une indemnité complémentaire à tout salarié comptant une année d'ancienneté dans l'entreprise. L'absence doit être justifiée par un certificat médical, transmis à l'employeur dans les quarante-huit heures, et le salarié doit être pris en charge par la sécurité sociale.

Les soins doivent être dispensés en France, dans un État membre de l'Union européenne ou dans un État de l'Espace économique européen. Le même article exclut du dispositif les travailleurs à domicile, les saisonniers, les intermittents et les salariés temporaires. Une fraude avérée du salarié fait tomber le droit au complément.

L'article D1226-1 fixe le barème légal : 90 % de la rémunération brute que le salarié aurait perçue s'il avait continué à travailler pendant les 30 premiers jours, puis deux tiers de cette rémunération pendant les 30 jours suivants. L'article D1226-3 ajoute un délai de carence de sept jours : le complément n'est dû qu'à compter du huitième jour d'absence en cas de maladie ou d'accident non professionnel, alors qu'il court dès le premier jour en accident du travail.

L'ancienneté allonge la couverture. Selon l'article D1226-2, chaque période entière de cinq ans d'ancienneté au-delà de la première année ajoute dix jours à chacune des deux tranches, sans que l'une ou l'autre puisse dépasser 90 jours.

Le complément est différentiel, non cumulatif. L'article D1226-5 impose de déduire les indemnités journalières de la sécurité sociale ainsi que les sommes versées par un régime complémentaire financé par l'employeur. Le salarié ne perçoit donc jamais 90 % de son salaire en plus des indemnités de la caisse : il perçoit 90 % au total.

Deux règles de décompte encadrent les arrêts répétés. L'article D1226-4 prévoit qu'en cas d'absences successives, le total des durées indemnisées sur une période de douze mois ne peut pas dépasser les plafonds du tableau. L'article D1226-8 précise que l'ancienneté s'apprécie au premier jour de l'absence.

Quelles obligations pèsent sur le salarié pendant l'arrêt ?

Le salarié dispose de 48 heures pour transmettre son arrêt : les volets 1 et 2 à sa caisse d'assurance maladie, le volet 3 à son employeur. Un premier retard donne lieu à un courrier d'information. Un nouveau retard entraîne une réduction des indemnités. L'absence totale de transmission prive de toute indemnisation.

Depuis le 1er juillet 2025, l'arrêt établi sur papier doit obligatoirement figurer sur le nouveau formulaire cerfa sécurisé, doté de sept points d'authentification dont une étiquette holographique et une encre magnétique. Les photocopies et les documents scannés sont rejetés.

Pendant l'arrêt, le salarié doit en principe se tenir à son domicile de 9 heures à 11 heures et de 14 heures à 16 heures, y compris les samedis, dimanches et jours fériés, sauf pour recevoir des soins. Le médecin peut autoriser des sorties libres ou, à l'inverse, interdire toute sortie. Quitter son département suppose l'accord préalable de la caisse.

Le service médical de la caisse peut convoquer l'assuré ou se présenter à son domicile. Le refus d'un contrôle, le non-respect des heures de présence ou l'exercice d'une activité non autorisée entraînent la suspension ou la suppression des indemnités.

La contre-visite organisée par l'employeur

L'employeur qui verse un complément de salaire peut mandater un médecin pour vérifier l'arrêt. Les modalités figurent aux articles R1226-10 à R1226-12 du code du travail, issus du décret n° 2024-692 du 5 juillet 2024 et applicables depuis le 7 juillet 2024.

Le salarié doit communiquer à son employeur le lieu où il se repose s'il diffère de son domicile. Lorsque l'arrêt autorise des sorties libres, il doit indiquer les horaires auxquels il peut être visité. Le médecin mandaté se prononce sur le caractère justifié de l'arrêt, y compris sa durée.

La visite se déroule au domicile ou au lieu communiqué, sans délai de prévenance et en dehors des heures de sortie autorisées, ou au cabinet du médecin sur convocation. Un salarié empêché pour raison de santé doit en informer le médecin. Celui-ci indique ensuite à l'employeur si l'arrêt est justifié, ou s'il n'a pas pu procéder à l'examen en raison d'un refus ou d'une absence. L'employeur transmet l'information au salarié sans délai.

La conséquence d'un contrôle défavorable porte sur le complément patronal, pas sur les indemnités de la caisse. L'employeur peut cesser de verser l'indemnité complémentaire. La caisse, elle, décide séparément après son propre contrôle.

Que se passe-t-il au retour dans l'entreprise ?

L'article R4624-31 du code du travail impose un examen de reprise par le médecin du travail dans quatre situations : après un congé de maternité, après une absence pour maladie professionnelle, après une absence d'au moins 30 jours consécutive à un accident du travail, et après une absence d'au moins 60 jours pour maladie ou accident non professionnel.

Le seuil de 60 jours résulte d'une modification entrée en vigueur le 28 avril 2022, applicable aux arrêts débutant après le 31 mars 2022. Il était auparavant de 30 jours. Beaucoup d'employeurs continuent d'organiser la visite dès 30 jours, ce que rien n'interdit.

Dès qu'il connaît la date de fin de l'arrêt, l'employeur saisit le service de prévention et de santé au travail. L'examen a lieu le jour de la reprise et au plus tard dans les huit jours qui suivent. Tant qu'il n'a pas été organisé, le contrat reste suspendu pour les situations où la visite est obligatoire.

L'arrêt de travail ne suspend pas l'acquisition des congés payés. Depuis la loi du 22 avril 2024, un salarié en arrêt pour maladie non professionnelle acquiert deux jours ouvrables de congé par mois d'absence, dans la limite de vingt-quatre jours ouvrables par période de référence. Ce point est traité dans le dossier consacré aux congés payés.